D'origine autrichienne, Jan Marsalek a commencé sa carrière en 1999 en co-fondant une application E-commerce. L'année suivante, il rejoint Wirecard à Munich où il commence en tant que Project Manager. Très vite, Jan Marsalek grimpe les échelons puis est promu IT Manager en 2001. En 2002, il devient vice-président et directeur général de filiales du groupe Wirecard. Jan Marsalek assurera également des fonctions de manager des ventes entre 2009 et 2010.

Sa carrière décolle en février 2010, lorsqu'il est nommé membre du conseil d'administration de Wirecard. Dans le même temps, il est promu directeur général adjoint (COO) et veille au bon déroulement des opérations. Cependant, à la suite du scandale financier, Jan Marsalek est suspendu le 18 juin 2020 et est démis de ses fonctions d'administrateurs 4 jours plus tard. Le 22 juin, son contrat de travail est également résilié.

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